Primero que todo,
asegúrate de tener la versión más reciente del reproductor Flash. Los subtítulos son visualizados en el reproductor flash, así que hay que asegurarse de que está actualizado
http://get.adobe.com/es/flashplayer/ (hay reportes de que los subtítulos no están funcionando muy bien en algunas versiones anteriores de flash). Si eso no soluciona el problema, entonces responde algunas preguntas:
¿ocurre solo con ese vídeo o con todos los vídeos subtitulados? ¿URL?
¿qué navegador usas? ¿ocurre si usas un navegador diferente o desactivando los complementos ?
Una captura de pantalla sería muy apreciada...