No hay un límite fijo, este aparentemente aumenta dependiendo de la antiguedad de la cuenta, pero generalmente es de 650 vídeos en muchas cuentas.
Los vídeos no deberían desaparecer de tu lista de Favoritos a menos de que estos sean eliminados por su dueño o que YouTube los retire debido a alguna reclamación de copyright o si infringen las normas del sitio.
Accede a la sección de favoritos de tu cuenta
youtube.com/my_favorites y mira si aparecen vídeos con miniaturas grises (con el icono de una cámara y un reloj). Esos vídeos ya no están disponibles y por lo tanto no aparecen en la sección de favoritos de tu canal.