No hay necesidad de transformar nada, simplemente debes guardar el vídeo de la forma correcta. Si estás tratando de subir un archivo de proyecto, YouTube lo rechazará porque ese archivo no contiene audio ni vídeo, solo contiene los detalles del proyecto de edición de la película.
Para guardar el vídeo y poderlo subir a YouTube, debes hacacerlo desde la opción ''Guardar archivo de película'' en el menú Archivo de Movie Maker.
En las versiones más recientes de Movie Maker la opción se llama de coma similar ''guardar película'' o en algunos casos ''Publicar''.