Puedes cerrar la cuenta YouTube desde
http://www.youtube.com/account#manage/delete
Sí quieres eliminar los dos, entonces cierra primero la cuenta YouTube y después la cuenta Google. Si lo que quieres es desvincular la cuenta de Youtube de la de Google, es posible hacerlo desde
http://www.youtube.com/my_account_unlink siempre y cuando la cuenta de YouTube fuese creada antes de Mayo de 2009 y recuerdes la contraseña usada antes de la vinculación.
No sé realmente si quede alguna información (internamente) en Google después del cierre de las cuentas, pero supongo que sí, porque Google ofrece posibilidades de recuperación de cuenta, así que alguna referencia deben conservar.