Puedes subir los subtítulos desde la pagina de edición del vídeo y haciendo clic en el enlace subtítulos (puedes subir varios archivos para diferentes idiomas). Hay varios programas para crear subtítulos, pero algunos me parecieron un poco complicados de manejar, en Google encontrarás resultados en abundancia si buscas ''subtitulador''.
YouTube tiene una aplicación web para subtitular llamada
CaptionTube, está disponible en la sección
TestTube http://www.youtube.com/testtube. A mi me pareció fácil de usar, pero está en inglés. La aplicación pedirá autorización para acceder a tu cuenta, una vez autorizada, puedes acceder con tu cuenta Google e importar tus vídeos o cualquiera de YouTube y crear los subtítulos mientras lo reproduces. Al final podrás exportar los subtítulos en formato .sub o .srt y subirlo a la sección Editar/Subtítulos de tu vídeo en YouTube.
Si quieres usar CaptionTube y tienes alguna duda, pregunta y te ayudaremos.
¡Suerte! :)