Hmm... Jamas he visto algo como lo que describes, puede que se trate de un problema muy particular de tu PC.
En algunos videos de partners aparecen unas pequeñas lineas amarillas en la barra de reproducción que indica el momento en que se muestra la publicidad pocos segundos de haber comenzado el video y al final, te dejo una imagen para que me digas si se parece a lo que tu dices...
http://4.bp.blogspot.com/_cyV-LyqXdNo/SnI4nhWlAfI/AAAAAAAAAI4/0oE3ynA01Ug/s1600-h/rb.bmp
¡Suerte! :)