La verdad es que no es claro cuál es el límite de favoritos. Al parecer se trata de 600/650 en general, pero existe la posibilidad de que el número aumente con el pasar del tiempo. Hay usuarios que alcanzan el límite a los 300, muchos otros a los 600 y por otro lado están aquellos de pasan de los 1000 o 3000 en tu caso.
Por lo que he visto, las cuentas más antiguas son las que suelen tener límites más amplios (probablemente aumenta con el pasar del tiempo). Parece que tendrás que comenzar a usar listas de reproducción :/