Sí, esas herramientas son gratuitas.
Pero hasta donde estoy enterado, varias de esas herramientas requieren un pago para que sus contenidos puedan ser usados comercialmente, así que en general, no recomendaría usarlas, si es que piensas monetizar los vídeos... a menos que tengas autorización escrita para uso comercial por parte de sus dueños.
El editor de vídeo propio de YouTube, puedes usarlo sin problema alguno (para editar contenidos de los que tengas todos los derechos), y salvo que uses temas de la librería de audio de YouTube, deberías poder monetizar cualquier vídeo editado con el editor de YouTube
http://www.youtube.com/editor