Lamentablemente la única forma de usar enlaces profundos superiores a una hora es con anotaciones o URL's con un parámetro de tiempo en minutos y segundos. El parámetro de tiempo no permite ingresar horas pero puedes ingresar cualquier duración en minutos o segundos aunque sea mayor a una hora.
Por ejemplo, si quieres ver ese vídeo en 1:35:30 añades el parámetro #t=95m30s al final de la URL.
Pero entiendo que no es lo mismo que los enlaces cortos y no es lo ideal para la descripción, pero es lo único que se puede por ahora. Eso ya ha sido sugerido anteriormente y algún empleado de YouTube respondió que verían si podían habilitar esa características para duraciones mayores a una hora...