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http://www.youtube.com/view_all_playlists, luego haz clic en el botón [Editar] de la lista en cuestión, después haz clic en la (x) de los vídeos que quieras eliminar de la lista y guarda los cambios.
Si aun así aparece un mensaje de error, detalles como el navegador que usas, el nombre y URL de la lista serían importantes, además de una captura de pantalla si es posible.