¡Muchas gracias por la respuesta Gari! Efectivamente, he probado reexportando el archivo y haciendo pruebas ya lo he solucionado por completo. Para los que hayan tenido el mismo problema que yo, os dejo la configuración que he seguido para que lo tengáis todo perfecto (aviso, uso el adobe premiere para exportar, pero estoy seguro de que encontraréis opciones similares en el Sony Vegas):
- Formato: .mp4 H.264 (esto es crucial, archivos .avi no os dejarán luego usar etiquetas de formato)
- Preset: Youtube HD 720p (o 1080p si vuestros videos están a esa deficinión) 29,97 fps. ATENCIÓN: Si lo queréis a 60 fps tendréis que cambiarlo en las opciones que están más abajo, en la pestaña de video. Si os salta un error al seleccionar 60fps, tenéis que subir el apartado de Nivel; yo lo tengo a 4.0 y con eso tira perfecto. Los píxeles con esta configuración son cuadrados (1,0) así que no tendríais que necesitar usar las etiquetas de formato si la secuencia ya tiene de por sí esa definición.
Eso es lo esencial. Resumiendo: los formatos a los que subáis los vídeos tienen que llevar un formato de H.264, si no youtube os lo va a reconocer pero no deja usar las etiquetas como yt:crop=16:9.