Debes subirlos en formato .sub o .srt en la sección
Mis vídeos > editar (
del vídeo en cuestión ) > Títulos y subtítulos. (
http://www.youtube.com/my_videos) y puedes crearlos con ayuda de algún software especial para subtitulación, revisa las referencia y podrás encontrar algunos. Puedes subir varias versiones de los subtítulos o varios idiomas y estarán disponibles en el menú de la barra de reproducción del vídeo.
Si manejas un poquito de ingles, te recomiendo CaptionTube
http://captiontube.appspot.com/.
¡Suerte! :)
