Activar el reproductor 3D no funciona si no hay 2 diferentes tomas, una junto a la otra, con ángulos ligeramente diferentes para crear un efecto 3D real... el vídeo original debería tener un aspecto como la imagen de ejemplo que dejo más abajo [1], después al activar el reproductor 3D, YouTube toma cada mitad del cuadro y para que sean visualizadas como el ojo izquierdo y derechos, dependiendo del modo de visualización...
Si activas el reproductor 3D en un vídeo normal, YouTube lo dividirá en 2 pensando que es un vídeo 3D de verdad, con 2 tomas paralelas y entonces hará un desastre, el vídeo se verá partido por la mitad, será de todo menos 3D. Puedes poner los dos clips juntos usando un editor de vídeos como sony vegas y después subirlo y activar el reproductor 3D, o si tienes las 2 tomas subidas a tu cuenta, puedes usar esat herramienta para juntarlas y crear el vídeo 3D
http://www.youtube.com/editor_3d
Hace pocos días YouTube anunció nuevas opciones de edición para convertir vídeos en 2D a 3D sin necesidad de las 2 tomas, pero es un efecto artificial, es decir, que no tendrá el mismo efecto que si se hubieran usado 2 tomas desde dos a´ngulos diferentes de la misma imágen o escena... si quieres probar esta nueva opción, dirígete a la página de reproducción del vídeo, haz clic en [Editar información], luego en [Vídeo 3D] y seleccionar la opción de acuerdo a lo que contenga el vídeo [2].
La etiqueta yt3d:enable=true dejó de ser soportada oficialmente, usa las opciones de edición 3D que aparecen en la página de reproducción del vídeo de ahora en adelante.