Si tienes una versión del video con una resolución mayor, entonces mejor sube ese archivo, eso es todo lo que YouTube quiere decir con ese aviso. No es un problema, solo una sugerencia.
Si este aviso no solía aparecer, revisa que la resolución de tus videos al renderizar sea la correcta, si quieres que una versión HD esté disponible, deberás subir un video de por lo menos 720px de altura.
