Yo tambien puedo ver el problema y tambien ocurre con algunos de mis vídeos de prueba, las opciones 3D se mantienen aún después de borrar las etiquetas. Marcaré esa información para la atención del personal de YouTube, esperemos que no tarden en solucionarlo.
Por cierto, en otro asunto; el efecto 3D no funciona con un vídeo normal así como lo intentaste hacer con ese. Para que el efecto 3D funcione, se necesitan 2 tomas con ángulos o posiciones ligeramente diferentes y ubicarlas una junto a la otra, como un par de ojos. Sin eso, no se puede crear un efecto 3D aceptable.