YouTube siempre ha tenido ese tipo de problemas con muchos vídeos grabados directamente desde cámaras web. Probablemente por ciertos codecs con los que el sitio no es totalmente compatible y hace que ocurran estos problemas durante su procesamiento.
La recomendación es que hagas la captura desde un editor de vídeo (Movie Maker o iMovie por ejemplo) y lo guardes desde allí con un formato o codecs más compatibles, o que uses un convertidor de vídeo y lo transformes a otro formato antes de la subida.
