Lamentablemente, algunas de las nuevas funcionalidades no sirven para esos videos a los que se les cambió el audio hace mucho tiempo. Silenciar los videos por completo no es una opción que YouTube ofrezca actualmente... ¿Por qué quieres hacerlo, para monetiza el video quizás?
Si lo importante no son las visitas, entonces quizás deberías probar creando una copia con el editor de YouTube
http://www.youtube.com/editor. Hasta donde he probado, los resultados pueden ser 2: La copia queda con el audio original con el que fue subido, o en algunos casos más raros, queda silenciada.
Voy a marcar el asunto general, para que con suerte, el personal de YouTube le eche un vistazo, y quizás algún día mejoren las funcionalidades de cambio de audio para los videos que usaron esa herramienta hace mucho tiempo, pero con YT nunca se sabe.