Si sólo se trata de coincidencias de ID de contenido
http://www.youtube.com/my_videos_copyright, entonces sí, el estado de tu cuenta debería volver a ser bueno si eliminas los videos en cuestión.
Si tienes una infracción de las normas de la comunidad, o una acción de derechos de copyright, entonces eso es algo aparte y no está relacionado a las coincidencias de ID.