Vale, ya está.
Si como comentabas, selecciono todos los vídeos y deshabilito la opción de vídeos que se pueden saltar, automáticamente también se deshabilita la opción de los que no se pueden saltar, así que cuando acabad e procesar se vuelve a hacer lo mismo y ya está, quedan todos los vídeos solo con los que se pueden saltar activos y además recuerda las pausas publicitarias :D