Recomiendo que notifiques tu problema usando el formulario que aparece abajo, los problemas relacionados a vinculaciones y cuentas Apps suelen ser particularmente complicados:
Me gustaría tratar de ayudarte, pero tengo 0 experiencia con Google Apps, y quizás termine confundiéndote más. Dicho eso:
¿Cómo estás tratando de acceder a YouTube? ¿con el nombre del canal + la contraseña de la cuenta, o con la dirección de correo completa + la contraseña?
¿La cuenta personal a la que estaba vinculada el canal de YT inicialmente, era una cuenta Google de Gmail? ¿la cuenta Gmail tenía el mismo nombre que tu canal de YT? (Si la respuesta es sí, entonces la pregunta a continuación puede ser importante) ¿Usas la misma contraseña para ambas cuentas (la personal y la de Apps)?