Hola Belén.
Al eliminar una cuenta de marca se eliminará el canal asociado también (si lo hay). Cuando un usuario trata de realizar esta acción, deben seguir varios pasos en los que se informa el contenido y servicios que se eliminarán y se solicita confirmación de la acción.
Si solo quieres ocultar o eliminar el canal sin afectar la cuenta de marca, puedes hacerlo desde la sección de configuración avanzada en YouTube, como se indica en el enlace debajo: