Debes renderizarlos con buen bitrate. Eso hace que el peso sea mayor pero también la calidad. Creo que el formato que usas no es muy bueno. Prueba con avi o wmv e intenta subir el video original, es decir no subas versiones ya comprimidas porque youtube tambien transcodifica y hay otra perdida de calidad. Tardarás más en todo, en hacerlo, en subirllo.
Es decir, mayor calidad implica siempre más peso y más tiempo. No hay otra forma. Porque van a venir a decirte máxima calidad con el menor peso posible. Pero la pregunta sería Cuál menor peso posible? El menor peso posible para mantener esa máxima calidad? o uno de esos trabajos que dicen 1080p HD y que al expandirse a una pantalla HD se ven horrendos, pero pesan precisamente muy poco? Es una opción tuya, calidad es siempre más peso y más tiempo.