Vaya, pues es una de las pocas veces que veo que a alguien le pasa eso.
Generalmente se podría deber a un mal procesamiento del video (pero no se sabe nunca con certeza) Youtube ultimamente ha estado teniendo problemas con la subida de vídeos.
De todas maneras, yo te recomendaría encarecidamente que usaras el formato de subida Java estos días (pues es el que mejor funciona, por lo menos para mí):
http://upload.youtube.com/my_videos_upload?restrict=javaSobre el formato del vídeo.... no se que te lleva a usar ese tipo de codificación, pero te recomendaria que intentaras guardarlos en ".WMV" ya que es el formato del video más fácil de descodificar, y si no, pues ".avi" ".mpg" "mpeg".
Técnicamente, Youtube no tendría por qué tener ningún problema decodificando un vídeo, asi que si quieres, primero prueba subiendo tus videos tal cual a través del subidor de JAVA (link de arriba).
Eso si, asegurate de que no sea que tu video sea el modificado y no Youtube el culpable.
Y si ni haciendo eso se sigue repitiendo, guarda en cualquier otro de los formatos que te dije arriba y prueba :)
Espero que se solucione tu problema.