Muy Buenas, a mi me ocurre exactamente igual, llevo desde mediados de diciembre subiendo videos a 1440p y 60fps, renderizo com Adobe premiere y llevo meses sin problemas, pero desde mitad de diciembre mis videos con la especificación arriba indicada y como digo sin cambiar nada, no se muestra a más de 1080p 60fps.
Os dejo un par de ejemplo como lista de reproduccion y podéis comprobar como los primeros videos se muestran en 1440p y 60fps y a partir de mediados de dicembre lo maximo es 1080p.
¿Puede tener algo que ver el paso que ha dado youtube de flash a html5?