Estoy seguro que YouTube trata de pulir cada vez más el reproductor html5, funcional prácticamente igual que el de flash en muchos equipos, pero en otros no tanto. Puedes intentar activando y luego desactivando el reproductor desde
youtube.com/html5
En cuanto el primero de los puntos que mencionas:
1. YouTube no permite la descarga de vídeos en sus términos de uso, es por eso que tienes una aplicación de terceros para hacerlo y aparentemente no funciona con el reproductor html5, no esperes que YouTube haga algo al respecto, porque no lo van a hacer, como dije inicialmente, ellos no permiten la descarga de vídeos... quizás el desarrollador del software en cuestión se actualice a la larga para logar su cometido.