No, el problema no es de haber escogido un formato equivocado. El video tiene las dimensiones de 640x480, es decir 4x3, ya he subido varios videos con el mismo formato y me lo habían publicado bien, pero en los cuatro últimos que subí me aparece en formato 16x9, creo que es un problema de youtube. Gracias, de todos modos por contestar.
