Si estás usando la opción ''Organizar favoritos'' para destacar algunos de ellos, entonces se verán 2 veces en el canal (arriba entre los que has destacado y por segunda vez en su puesto normal), ese es el comportamiento esperado.
En cuanto a las actualizaciones, supongo que te refieres al módulo de actividad reciente ¿o no? ¿qué tipo de problemas tienes con las actualizaciones?
El día de ayer YouTube hizo algunas modificaciones a la actividad que aparece en ese módulo, es posible que veas nuevos tipos de actividad allí.