Volví a subir el vídeo con otra conversión, así que no sé si seguirá ocurriendo.
El problema sucede porque los vídeos en formato DV no tienen los píxeles cuadrados, sino anamórficos, y Youtube los reconoce como cuadrados, de ahí que el vídeo de estire o se comprima horizontalmente. Al convertir el vídeo con VirtualDubMod, se le añade un dato la cabecera para que un reproductor cualquiera reconozca la nueva relación de aspecto y muestre el vídeo en el formato adecuado, pero Youtube no lee este dato, y de ahí que no se procese correctamente.
Un saludo, y gracias por la respuesta.