Hay programas especializados en la creación de subtitulos y puedes buscarlos en Google, también hay un servicio llamado CaptionTube que permite editar fácilmente los subtitulos de tus videos de YouTube, exportarlos y después puedes subirlos por medio de la sección (Mis videos>Editar>Titulos y subtitulos). Esta es la dirección:
http://captiontube.appspot.com/
-El servicio está en ingles por el momento.
-Puedes acceder con tu cuenta de Google y debes autorizar el acceso.
En mi opinión es muchísimo más simple crear los subtitulos en CaptionTube pero si no manejas un poquito de ingles deberás buscarte un software de subtitulación en español. ¡Suerte! :)