Sí, sí se pueden tener varios canales de YouTube vinculados a una misma cuenta AdSense.
Si estoy entendiendo bien, creo que el sistema dice lo correcto. Tienes dos cuentas de YouTube/Google, en ambas solicitaste participar en AdSense y en una de ellas fue rechazada la solicitud y en la otra fue aprobada... Ahora la cuenta AdSense aprobada está vinculada a los dos canales, sin embargo si intentas acceder a AdSense desde la cuenta Google en la que la solicitud de AdSense no fue aprobada, el sistema te lo dirá, porque así ocurrió.
Puede ser un poco confuso, pero creo que todo está funcionando como debería.