Deberías probar con frecuencias de no más de 30 cuadros (sin importar si el vídeo fue grabado a 60fps, YouTube lo convertirá a 30fps y en algunas ocasiones hay problemas de procesamiento con vídeos que tienen altas o muy bajas frecuencias de cuadros por segundo).
También sería bueno que intentaras cambiando los codecs de audio, algunos no son compatibles con YouTube y pueden causar estos problemas, en otras ocasiones se debe a que la duración del audio no es la misma del vídeo o a algunos elementos que los editores de vídeo añaden al archivo [2].
Por último, prueba subiendo el vídeo desde una ventana en modo incógnito desde Chrome, eso asegura que todas las extensiones estén deshabilitadas y las cookies sean frescas (puede ayudar en algunos casos). También deberías probar desactivando el antivirus, algunos de ellos interfieren en la subida de archivos.
