Para eliminar un comentario debes ir al vídeo que lo contiene (habiendo iniciado sesión en Youtube anteriormente) y buscar dicho comentario. Luego situa el cursor del ratón sobre él y verás que aparecen varias opciones al lado del comentario:
-Voto positivo (pulgar hacia arriba)
-Voto negativo (pulgar hacia abajo)
-"Responder" y una flecha negra
Selecciona la flecha negra (que en realidad es un desplegable) y selecciona "Eliminar". Recuerda que en un vídeo subido por ti puedes eliminar cualquier comentario, mientras que en vídeos de otros usuarios solo puedes eliminar los tuyos.