Es probable que el problema esté relacionado al sistema de subidas reanudables. Dependiendo del navegador, YouTube intentará reanudar una subida interrumpida en algunos casos, si el usuario sube el mismo archivo.
Lamentablemente, si el usuario elimina una subida parcial y luego intenta subir el mismo archivo, YouTube no creará una nueva subida, sino que continuará donde quedó la anterior subida interrumpida de ese archivo, y al terminar, dirá que fue borrado por el usuario, porque éste borró la subida parcial.
Si por alguna razón la subida se interrumpe e intentas subir el mismo archivo de nuevo (pocos minutos después), recomiendo que no elimines la subida parcial del gestor de videos, para evitar ese problema.