En YouTube no puedes cambiar ningún formato. Al guardar tu vídeo con la opción ''Guardar archivo de película...'' de movie maker, tu vídeo debería quedar en formato .wmv y será aceptado sin problemas en YouTube.
Seguramente estás tratando de subir el archivo MSWMM que es el archivo de proyecto de tu película (el libreto por así decirlo), y es el archivo obtenido al usar la opción ''Guardar proyecto'' o ''Guardar proyecto como...''. Este archivo no es un vídeo.