Un archivo .MSWMM es un archivo de proyecto de Windows Movie Maker. Si guardas el proyecto, podrás volver a la película y realizar modificaciones más adelante. Sin embargo, si estás satisfecho con la película y quieres subirla y compartir el resultado a través de YouTube, debes seleccionar la opción "Guardar archivo de película" en el menú "Archivo" (que es distinta de la opción "Guardar proyecto", que permite crear el archivo .MSWMM).
Trata de guardar bien el proyecto en .wmv .avi .mp4 verifica la ayuda que youtube te brinda para ver las compatibilidades