Me temo que no se puede evitar que los motores de búsqueda como Google indexen comentarios hechos por usuarios de YouTube en vídeos públicos. Si no quieres que aparezcan, quizás debas eliminarlos, pero es posible que Google y otros sitios sigan mostrándolos por algún tiempo después de su eliminación, aunque no hay seguridad.
Cuando publicas algo en internet, muchas veces es difícil eliminar toda referencia a ello, otras veces es casi imposible hacerlo por completo.
En el caso de Google, quizás quieras leer este artículo sobre la eliminación de información de su caché de búsqueda: