Por lo que dices parece ser cosa del operador. Para empezar te recomiendo actualizar la versión de Youtube Mobile dirigiéndote a
www.youtube.com con el safari y hacer click en "Youtube en tu movil" aunque si te funciona bien con wifi y no con GPRS comprueba que tu operador no te tenga restringido el servicio por varios motivos.
Hay operadores (Movistar por ej.) que pese a ser tarifa plana ilimitada "limita" de alguna manera su ancho de banda cuando se supera un cierto número de bits transferidos y quizás pueda ser eso lo que esté pasando y al requerir una conexión decente para visualizar videos en gran calidad en el dispositivo movil y requerir un ancho de banda que no puede obtener no permita su visualización en alta calidad.