No hay problema con que respondas comentarios en tus videos monetizados, pero si te preocupa, puedes tratar respondiendo más desde la página de "todos los comentarios" en lugar de la página de reproducción de un video, así quizás generes menos impresiones, especialmente con anuncios pre-roll o true-view.
Cuando ves un comentario desde la bandeja de entrada de YouTube o de tu correo, aparecerá un enlace que lleva a la página de todos los comentarios del vídeo:
En cuanto a los comentarios de tu canal, quizás quieras guardar un marcador en tu navegador que te lleve directamente al feed de comentarios, en donde no se mostrarán anuncios porque no hay un reproductor de video... para tu canal sería
http://www.youtube.com/user/GTAtactics/feed?filter=1