¿Ocurre con todos los vídeos en YouTube?
Prueba desactivado la aceleración de hardware del reproductor flash. Haz clic derecho sobre el reproductor de vídeo, selecciona la opción ''Configuración'' y desmarca la casilla de ''Activar aceleración de harware'' que aparece en la pestaña de visualización.
Si ocurre con sólo algunos vídeos que estás subiendo, entonces seguramente se trata de un problema con los codecs usados. Prueba usando diferentes codecs y subelos nuevamente.