Sólo puedes poner vídeos que tengas añadidos a listas de reproducción. Tu lista de favoritos debería aparecer entre las opciones, en caso de que no, probablemente debas cambiar la configuración de actividad compartida, eso controla también la visibilidad de la lista de favoritos en el canal.
Visita
http://www.youtube.com/account_sharing y asegúrate de que la casilla "Marcar vídeo como favorito" en YouTube se encuentre marcada (guarda los cambios). Al activar esa opción, tu lista de favoritos se hace visible en el canal, incluso la en opción para seleccionar vídeo destacado.
Después de seleccionar el vídeo destacado, puedes volver a desactivar esa opción en la configuración de actividad compartida si no deseas compartir esa actividad públicamente (añadir vídeos a la lista de favoritos)... la mejor opción quizás sea crear una lista pública a la que añadas los vídeos de los que quieras destacar alguno.