Hola,
Primero que nada recuerda que las estadísticas en Analytics de los canales no son en tiempo real y suelen tener un retraso. Ademas, por ejemplo, si la reproducción está puesta en autoplay no cuenta En este artículo se describen las acciones que no computan en el contador de visitas:
Cómo aumentar el número de visualizaciones de YouTube
Algunas consideraciones mas, pero ten en cuenta que YouTube sabe muy bien que visitas contar y cuales no :
1) El periodo de tiempo que estas mirando. Es importante que estés comparando el mismo período de tiempo tanto en Analytics como en Facebook. Sino las discrepancias aumentaran
2) Si los usuarios que hacen lick en el vídeo, están dirigidos a la página de reproducción en YouTube, el vídeo tiene un anuncio pre-roll y si la gente lo abandone antes de llegar al vídeo, no cuenta como reproducción
3) Si tiene reproducciones maliciosas estas se contaran en Facebook como clicks en el enlace pero no en YouTube como reproducciones.
Saludos.