¿Eliminaste alguna subida cancelada de ese mismo archivo, la subida se interrumpió en algún momento?
Ese problema ocurre mucho a causa de las subidas reanudables. Si una subida se interrumpe, YouTube tratará de reanudar desde el punto donde quedó anteriormente si el usuario trata de subir el mismo archivo (dependiendo del navegador y si no ha pasado mucho tiempo). El problema es que si el usuario elimina la subida parcial, YouTube puede que intente reanudar esa subida, pese a que el usuario ya la eliminó desde el gestor de videos.
El resultado: "El usuario ha suprimido este video"