Si esa persona no quiere aparecer en el video está en todo su derecho de que se retire.
Cuando no tienes el permiso de una persona, me temo que tendrias probar a poner un cuadro enorme( o pixelado) que le cubra la cara y así no se le reconoce.
No puedes hacer ninguna contra indicación por temas de imagen personal, una persona puede rechazar su aparición en cualquier momento.
Y de hecho, grabar un video en público, también tiene esas consecuencias. Hay que asegurarse de tener el permiso de todas esas personas a menos que sus caras no se vean bien (pixeleadas o lo que sea).
Y Youtube nunca puede saber cuando un usuario te "fastidia" por lo que lo más razonable es que hables con esa persona, o simplemente edites el video y lo vuelvas a subir pero sin que se vea a ese tipo. No hay más vuelta de hoja.
Estos temas son demasiado delicados, asi que hay que tener mucho cuidado con las personas que aparecen.