Si recibiste dos acciones de derechos de copyright, significa que YouTube eliminó el contenido, no tú. Quizás si tienes un buen comportamiento por varios meses, alguna de las infracciones podría caducar, pero no hay garantías:
http://www.youtube.com/t/copyright_strike
Si te refieres a coincidencias de ID de contenido, esas no representan una acción de derechos de copyright contra la cuenta, pero tienen el potencial de serlo. Eliminar los videos con coincidencias de ID debería evitar futuros problemas por causa de ese video.