Creo que este problema ocurre cuando el usuario elimina subidas parciales (canceladas/interrumpidas). Pero YouTube trata de reanudarla de todas formas y cuando el usuario trata de subir el mismo archivo, YouTube continúa la subida parcial que ya había, y al terminar, muestra su estado real, eliminado... un dolor de cabeza ciertamente.
Si ocurre constantemente, recomiendo que no elimines las subidas interrumpidas, simplemente trata de subir el mismo archivo y probablemente YouTube continuará subiéndolo desde donde quedó.
