Es algo que veo que ocurre más frecuentemente, borrar las cookies generalmente se hacía cargo de ello. Quizás deberías probar con el reproductor HTML5, quizás sea algo que sólo se presenta en el reproductor flash...
No pierdes nada con probar
http://www.youtube.com/html5, también recomiendo que pruebes una vez o dos veces más borrando las cookies, o con un navegador diferente.