La Bandeja de Entrada te muestra toda la actividad de tu cuenta sean mensajes privados o comentarios, ambos muy diferentes el uno al otro.
Los comentarios solo te aparecerá la opción de borrar porque no es posible responder el comentario directamente porque eso no es más que una notificación, si lo borras, no de desaparecerá del video, solo se quitará de tu bandeja de entrada (es solo un como una aviso, no es un mensaje en sí).
Ya con los mensajes privados la cosa cambia totalmente, los mensajes privados solo se pueden ver en tu Bandeja de Entrada, asi que esos si puedes responder ya que solo tú puedes verlos tu.
Yo te recomendaría que uses la notificación para saber quién te respondió el comentario y vayas a su canal y le dejes un comentario en su canal o bien, le envies una mensaje privado.