No puedes contestar desde tu cuenta de correo. Si quieres contestar con otro comentario, tu decides si lo haces en tu canal o en el de esa persona. En la mayoría de canales que tienen el nuevo diseño, encontrarás la caja para escribir un comentario al lado derecho, junto a la información del usuario.
Si mejor deseas enviar un mensaje personal, debes acceder al canal de esa persona y en la columna derecha (visible en la pestaña de destacados o feed), encontrarás un enlace para enviar un mensaje, junto al que dice "bloquear usuario".
También puedes leer y enviar mensajes personales desde la bandeja de entrada de tu cuenta de YouTube, si sabes el nombre del canal al que quieres enviar un mensaje, puedes hacerlo desde allí:
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