Los problemas de sincronización se suelen presentar porque el vídeo tiene un codec de audio incompatible o no soportado completamente por YT, o porque tiene una frecuencia de cuadros inusual (en la mayoría de los casos). Quizás el equipo usa un codec diferente para los vídeos de más calidad.
Si puedes recodificar el vídeo y usar un codec de audio MP3 o AAC, entonces probablemente obtengas mejores resultados.
