Añadir los pequeños vídeos dentro de otro se hace durante la edición, antes de subir el vídeo. Lo que hacen esos usuarios después es añadir una anotación transparente con un enlace, sobre el vídeo miniatura, lo que da la impresión de un menú interactivo.
Un ejemplo:
Añadí las 3 pequeñas miniaturas en el editor de vídeo, antes de subirlo. Después en YouTube añadí algunas anotaciones sobre ellos con enlaces a otros vídeos...